上古界有四位真神：上古、炙阳、天启、白玦，上古界在三界众生之上，上古界在混沌之劫中沉睡，三界也只剩下三位上神：天帝暮光、天后芜浣和清池宫的古君上神。本来芜浣和古君是夫妻，生了个蛋（这蛋其实不是芜浣生的，不晓得古君哪里来的，文里也没说），但此蛋生来病弱，古君到处寻求救治之法，等他再回到清池宫时，芜浣已经要跟天帝成亲了。成亲当天古君去闹场，为未出世的小神君争得了一个上神的名号，这个小神君就是女主后池。凤染是只火凤凰，因被凤凰一族遗弃，后来在清池宫照顾女主。女主因为自己的神力太弱，因此一直不出清池宫。
她小时候有个师傅柏玄，一直照顾她，等她启智后却再也没回来，女主很想念他，跟凤染去瞭望山找柏玄，却发现柏玄已经离开很久了。她们在山上遇到了清穆，他年纪轻轻已是上君，天帝的女儿景昭喜欢他。清穆有个跟女主一样的石链，女主的是柏玄给的，清穆要找到做石链的人询问自己的身世，两人发现他们要找的人都是柏玄，于是结伴而行。三人去妖界寻找柏玄，遇到妖皇的二儿子森羽和常沁妖君的感情纠葛。（这两人本是情侣，后来森羽受伤，有只小狐狸青漓救了他，青漓因此命不长久，请求森羽娶自己，森羽为了报恩就毁了与常沁的婚约，但他又喜欢常沁，因此使手段不让常沁离开。最后常沁决定彻底放手，跟森羽一刀两断，森羽也得知青漓是骗他的，把青漓赶走了，却挽不回常沁了。）
妖皇告诉他们，柏玄抢了妖火后就离开了，不见踪影，他们只好又回到瞭望山。白玦的神器炙阳枪在瞭望山现世，众人都赶去抢夺，炙阳枪却认了清穆为主。之后，清穆与女主在瞭望山上生活了两年，想等柏玄出现，两人相处中有了感情。凤染跑遍了三界帮他们找柏玄，也没找到，于是三人决定去渊岭沼泽找柏玄，遇到三首火龙晋位应劫，天帝的二儿子景涧用灭妖轮阻碍了火龙晋位，火龙发怒之下攻打众人，清穆救了大家，自己却受重伤，龙息在体内将要发作，只有本体是龙的天帝才能救他，于是三人到天宫找天帝。女主进入朝圣殿找天帝，却因为上古真神宫殿的传承达到了上君的实力，而误了救治清穆的时间。
景昭本体也是龙，她得知清穆的事后就偷偷把自己的龙丹给了清穆，清穆伤好，天后以此事为要挟，让女主选择是取出龙丹让清穆死，还是让清穆留在天宫跟景昭一起。清穆得知后，为了不让女主为难，主动去青龙台受天雷之刑，让天雷把龙丹逼出来，受了九九八十一道天雷，奄奄一息之下不仅用天雷重塑了身体，还无意中生成了一个用女主和清穆两人的血凝成的蛋（也就算是他们的孩子吧）。清穆刚受完雷刑，就向女主求婚“下君清穆，愿以身为聘，迎娶后池上神。”古君让清穆去平定仙妖之争，约定百年后让两人成婚。
北海出现了柏玄的踪迹，大家去查看，发现柏玄只剩仙体在冰洞中，灵魂已经不见，女主得知用聚灵珠、炼妖幡和镇魂塔，可以将灵魂重聚，决定去取三样宝物。凤染抢了炼妖幡，清穆去天宫抢聚灵珠，被天帝追杀，景昭又救了清穆一次。妖皇和天帝追到擎天柱边，女主把自己降为下君，并自愿放逐无名之世百年。两人约定百年之后回来成亲。女主带着柏玄、蛋和碧波（上古神兽）到了天佑大陆的蛮荒之地。清穆在擎天柱拼命修炼，他要有足够的实力保护女主。女主在天佑收了个徒弟百里秦川，妖界有个很厉害的上神净渊经常来找女主下棋饮茶，并告诉女主清穆等人的消息。
转眼间百年已过，还剩半年百年之期变到了，清穆修炼成功，大家本以为他会晋位上神，谁知清穆却消失了，清穆身体里的白玦真神苏醒了，原来清穆只是白玦为自己造的仙体。白玦苏醒后的第一件事就是毁了跟女主的亲事，决定要娶景昭为妻。白玦带着景昭定居在苍穹之境。女主去找白玦，让他把清穆还给她，白玦说清穆已经消失不可能回来了。女主非要完成当年的百年之约，古君也觉得这样是在羞辱清池宫，于是在白玦大婚当天，古君去阻止，说除非他死，否则两人别想成亲。白玦将古君打成重伤，净渊为了保护古君，只能毁了紫月恢复自己的力量，于是他变成了天启真神。
女主赶来，明白清穆真的是不在了，决定放手。白玦却毁了三件宝物以及柏玄的仙体，女主伤心欲绝，古君看着神力微弱的女主，深觉对不起女主，他是那么想保护女主，却终于明白这世上只看实力，于是他把自己化成银光进入了女主的身体，原来古君是个妖兽，他无意间得到了上古真神的神力，把神力融入妖丹才变得这么厉害，他原来答应上古，不让女主（女主是复活后的上古）再变成真神，但现在，他还是决定把神力还给女主。得到神力的女主成了上古真神，她用古帝剑刺了白玦一剑之后便昏睡不醒。
女主昏睡了一百年，这期间蛋里的孩子出世了，取名阿启。女主醒来，便恢复了上古的记忆和神力，但她没了后池时的记忆，也没了前世死之前三百年的记忆。前世她为了阻止混沌之劫，用自己的身体里的混沌之力化劫才会死亡，现在她复生了，她觉得三界不关她的事，她只想回到上古界，重振上古界，听说白玦娶了景昭也没太大反应，因为她跟白玦只是朋友关系，景昭的母亲天后原是她的神兽，她只是觉得这辈份太乱，所以不愿见景昭，命令景昭不许出现在她面前。阿启长得跟白玦一模一样，女主还以为他是白玦跟别人的私生子，于是帮着照顾。
凤染是火凤凰，原来火凤凰才是凤皇，是女主的神兽，当年只因为她还没出世，女主才选了天后做神兽，天后却贪慕上古界的荣耀，得知她将要被代替后就在天启设阵的时候把众上神引入了阵眼，害死了众上神，因此成为了仅剩的三位上神之一，还把凤染逐出凤族，自己做了凤皇。女主跟白玦在瞭望山见面，两人跟上古时期一样像朋友般相处。白玦支持妖界，天启支持仙界，仙妖之战越打越激烈。景涧喜欢凤染，表白被拒之后去守卫仙界，凤染去送信，正赶上仙妖大战，景涧为了保护女主，用自己的内丹施了兵解之法，然后死了。凤染伤心之下完成了涅盘，成了真正的凤皇。
女主发现众人都瞒着她关于后池的记忆，她找到古帝剑，恢复了记忆，她是从没爱过白玦的上古，但她却不能不管后池的恨，为了古君和柏玄，女主又用古帝剑刺了白玦一剑，以神的名义起誓自此两人只是陌路，她回上古界，白玦留在三界。天帝暮光得知天后芜浣当年做的错事，为了替她赎罪，他把天帝之位传给了凤染，然后自己变成了石龙万年守护仙界，上古取走了芜浣的神力，贬她永世受苦。上古回到了上古界，发现炙阳守着上古界，众仙都沉睡等待女主的归来，女主回来后，众仙都慢慢苏醒了。
天启在清池宫发现柏玄为后池布置的房间完全是上古的喜好，而且刻的木雕完全是白玦的手法，突然明白，柏玄就是白玦，原来自混沌之劫，女主殉世以来的六万年，白玦一直以不同的姿态陪在女主身边，柏玄、清穆都是白玦。天启去找白玦寻求真相，发现原来当初他开启阵法想灭三界来救女主，但却让混沌之劫提前到来，女主以身殉世时，深爱女主的白玦不愿看着女主消失，在最后阻碍了阵法，然后化身柏玄帮女主复活，又以自身神力将混沌之劫压制，并重塑了清穆这个身体，用来炼化妖力和仙力，合成混沌之力，只为在最后能代替女主以身殉世。他不愿女主知道真相，于是取走了女主三百年的记忆，并故意娶景昭激怒天后，只为挑起妖仙之战，用戾气来掩盖混沌之劫的气息。
天启其实也喜欢女主，但他看到白玦的付出，看到白玦宁愿代替女主守护三界，就明白自己失去了女主了，他不忍女主被蒙在鼓里，就把真相告诉了女主，让女主自己选择要不要这三百年的记忆。女主恢复了记忆，才明白原来早在混沌之戒之前的三百年，她就无意间被白玦的深情感动，爱上了白玦，只是混沌之劫来临，她选择救三界，还没有告诉过白玦她爱他。她赶到混沌之劫所在的渊岭沼泽，却只看到白玦与混沌之劫一起消失。她决定在瞭望山等白玦回来，永远不离开。——end
（这个是网络版的结局，出书版的结局不一样，我没有找到出书版，查了一下，出书版的结局貌似是女主最后去求了祖神，也就是她爹，于是祖神又给了男主白玦第二次生命。因为上古界、三界所有的一切都是祖神创造的，所以祖神有这个能力。貌似因为这个结局，有很多人评价说，看这本文最深的体会就是“我爸是李刚。”有个万能的老爹真的是很牛啊。）
